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苹果短信全部删除的方法有多种，具体步骤如下。
1、在主界面找到“信息”图标，点击进入。
2、在信息列表中找到需要删除的短信，长按该短信。
3、在弹出的菜单中点击“删除对话”或“删除信息”选项，如果想要删除所有短信，可以直接点击“清空短信”。
方法二（使用iTunes备份恢复）：
1、将手机连接到电脑，并打开iTunes软件。
2、在iTunes中选择设备图标，点击“恢复备份”，选择一个不包含短信的iTunes备份进行恢复，这样就可以清空手机里的短信。
至于无法删除所有短信的原因可能有以下几点：
1、手机系统出现问题，导致短信无法删除，可以尝试重启手机或更新系统来解决。
2、操作不当或误触某些设置导致短信无法删除，可以仔细检查操作步骤是否正确。
如果以上方法仍无法解决问题，建议寻求专业技术人员的帮助，或者前往苹果官方售后服务中心进行咨询和维修。